Defensa ha creado un Mando de Vigilancia y Seguridad Marítima y un Mando de Defensa de Operaciones Aéreas, dentro del nivel operacional de la estructura operativa de las Fuerzas Armadas y subordinados al Jefe de Estado Mayor de la Defensa, almirante general Fernando García Sánchez, quien proporcionará «conducción estratégica» a los dos Mandos, «promulgando las directivas necesarias para el inicio de sus procesos de planeamiento operativo y para el empleo de la Fuerza asignada».
La creación de estos mandos responde a la necesidad de que las acciones para vigilar y proteger la seguridad de los espacios aéreo y marítimo, por su repercusión en la Seguridad Nacional, requieren «conducción estratégica», ya que «la fluidez con la que algunas situaciones consideradas como crisis de baja intensidad en ámbitos específicos pueden llegar a desarrollarse y alcanzar proporciones mayores». Hasta ahora, el control del espacio aéreo correspondía al Jefe de Estado Mayor del Aire y el control del espacio marítimo al almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada ya que así lo fijaba la disposición adicional única del Real Decreto 787/2007, que regula la estructura operativa de las Fuerzas Armadas.
El Comandante del Mando de Vigilancia y Seguridad Marítima será el Almirante de la Flota, en la actualidad el almirante Santiago Bolíbar, mientras que el Comandante del Mando de Defensa y Operaciones Aéreas será el General Jefe del Mando Aéreo de Combate del Ejército del Aire, un cargo que ocupa el teniente general Eugenio Ferrer. Los dos estarán apoyados por su estado mayor orgánico y tendrán una doble dependencia: operativa del Jefe de Estado Mayor de la Defensa y orgánica, como hasta ahora, del Jefe de Estado Mayor del Ejército del Aire o de la Armada.
Los Jefes de los Mandos serán los responsables del planeamiento, la conducción y el seguimiento de las operaciones de vigilancia y seguridad marítimas y aéreas que el Jefe de Estado Mayor de la Defensa determine y de planear y conducir las operaciones multinacionales, en su espacio de responsabilidad, cuando España asuma el liderazgo.